部长会议是世界贸易组织的最高决策权力机构，至少每两年召开一次会议。迄今为止，世界贸易组织已经举行过三次部长会议。

　　1996年12月9日至13日，世界贸易组织首届部长会议在新加坡召开。这次被称为多边贸易体系里程碑的部长会议取得的主要成果是通过了《新加坡部长宣言》。宣言指出，世界经济的日益一体化为经济增长与发展和创造就业机会提供了前所未有的机遇。宣言承诺，要建立一个更加公平、开放、在规则基础上的自由贸易体制。在这届会议上，劳工标准成为讨论的焦点之一。宣言确定，建立由国际劳工组织制定和处理劳工标准的机制，反对滥用劳工标准来推行变相的贸易保护主义。会议期间，以美国、日本、欧盟和加拿大为首的28个经济体在信息技术问题上达成了协议。

　　1998年5月18日至20日，世界贸易组织第二次部长会议在日内瓦举行。这次会议主要讨论了已达成的贸易协议的执行情况、既定日程和未来谈判日程等问题以及第三次部长会议举行的时间和地点。发展中国家希望世贸组织均衡利益，更多地考虑发展中国家的愿望。

　　1999年11月30日至12月3日，被称为“千年回合”谈判的世界贸易组织第三届部长会议在美国西雅图开幕。这次会议原本要确定新一轮多边贸易回合谈判的具体议程，但这次的世贸会议，一开始就笼罩在阴影中，强大的示威抗议行动，使会议的召开一波三折，接着，在谈判中，与会代表在多项议题上出现重大的歧见，导致会议的进展缓慢；到四天结束时，竟然在几个主要的课题上无法达致一致的意见，会议终以终于一无所成结束。